Le site du port de Cônac est utilisé dès la fin du Moyen Age pour les activités de pêche et de cabotage qui se développent sur l'estuaire. Beaucoup de céréales saintongeaises exportées via Bordeaux, vers l'Espagne notamment, transitent par ici. En 1571, Mathurin Bourreuilh, voyeur et commissaire des chemins pour le roi en Saintonge, indique qu'il a œuvré quelques années plus tôt à l'entretien de ce port.
La porte éclusière du Port de Cônac et le canal du Centre dont elle garde l'entrée face à la mer, font partie du système de dessèchement des marais de Cônac mis en place au 17e siècle, tout comme les portes de Vitrezay et de Charron. La porte est citée le 24 mai 1701 lorsque les propriétaires des marais desséchés tiennent une assemblée au Pas de Poupot. Ils décident, entre autres, de faire réparer les grandes portes de Cônac, les construire en pierre, pour le prix de 2500 livres. La porte a sans doute été reconstruite par la suite. Sa surveillance est confiée à un garde-éclusier qui vit dans l'une des maisons à côté.
Le chenal de Cônac est mentionné sur le plan cadastral de 1828, de même que la porte éclusière, avec la maison du garde et deux fermes de part et d'autre. Le port de Cônac constitue au 19e siècle l'un des fréquentés de cette partie des rives de l'estuaire. Voilà pourquoi, en 1879 et 1902, le conseil municipal demande son classement en port maritime de l'Etat. En 1885, un premier appontement est créé sur la rive gauche du chenal. Même si celui-ci s'envase et si les installations sont insuffisantes pour recevoir les bateaux, le port de Cônac reste apprécié car il est mieux desservi par chemin de terre que les ports voisins, notamment celui de Vitrezay. En 1905, avec l'assistance des Ponts et Chaussées, le syndicat des marais de Cônac décide de construire un second appontement en aval du premier, d'agrandir le quai sur la rive gauche et de redresser partiellement le chenal. Les travaux ont lieu au printemps 1907, à l'exception du redressement auquel on a renoncé. Malrgé cette attention, au cours du 20e siècle, le site voit son activité portuaire décliner.