La commune de Saint-Clément-des-Baleines est créée le 11 mars 1874 après avoir acquis son indépendance de la commune d'Ars. Ce territoire était auparavant appelé "Villages d'Ars" et se composait des hameaux du Godinand, , du Griveau, du Chabot et du Gillieux.
Il faut attendre 1843 pour qu'une église soit construite dans la commune, il n'existait auparavant aucun édifice religieux.
L'économie de Saint-Clément était fondée sur le sel et la vigne : quelques distilleries à eau-de-vie et quatre moulins à vent ont fonctionner jusqu'à la fin du 19e siècle avant que la crise salicole ne cause la chute de son économie et la diminution de sa population.
En 1908, le président du Conseil, Emile Combe, vint dans la commune pour inaugurer le musée William Barbotin, musée d'histoire locale au pied du phare des Baleines.