Sainte-Marie est mentionnée pour la première fois au 12e siècle pour désigner une église paroissiale. Il est probable que l'abbaye des Châtelliers, qui possédait un grand nombre de fiefs dans cette paroisse (enclos des Noues, fiefs de Faugeroux, du Deffend, des Plantes-du-Grand-Pré, etc.) a contribué au peuplement et à la mise en valeur des terres , essentiellement plantées en vigne.
Sous l'Ancien Régime, l'agglomération était composée de cinq quartiers ou "dizaines" (de la Bourdinière, du Bourg, du Bourg-Chapon, de Guignefolle et de La Ménardière) et des villages des Noues et Rivedoux. L'économie reposait essentiellement sur la production d'eau-de-vie.
Sainte-Marie-de-Ré est érigée en commune en 1790, et prend le nom de L'Union sous la Convention.
La commune connait au 19e siècle une extension de la superficie cultivée en vigne, suivie d'une diminution importante du vignoble après la crise du phylloxéra et d'une diminution de la population. Dans le premier quart du 20e siècle, une minoterie à cylindre a remplacé les moulins à vent.
